Хранить информацию о зависимостях можно, например, следующим образом (добавляя в «модули» служебные комментарии):
// #REQUIRE: array.map.js // #REQUIRE: sprintf.js .... код
Выделить подобные метки из текстового файла не составляет труда. Естественно, чтобы получить полное дерево зависимостей, надо будет пройтись по всем доступных файлам — но полное дерево обычно не нужно.